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——迈出海量生物数据的绿色盘算之路

11月8日
，由中科院北京基因组研究所担负的中科院仪器设备功效开发技术立异项目——《高通量核酸序列比对剖析专用机开发》现场测试会在基因组所召开
。自动化所王宇心高级工程师、植物所郭亚龙研究员和遗传发育所梁承志研究员组成专家测试组
，在区域中心杜承航博士的全程指导监督下
，对该项目专用机进行了全程测试、剖析和验收
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。

会上
，李俊雄首先向专家组成员介绍了该项目的相关配景及整体情况
，并对列位专家评委的到来体现接待
。凌少平对项目进度、项目优势等作了简要介绍
，并领导研发小组完玉成部测试事情
。经过将近三小时的测试和评审
，专家测试组不但认证了该仪器的性能
，还高度评价了基因组所研发团队的相助及攻关精神
，并且呼吁应对具有自主知识产权的技术研发给予大力支持
。

随着基因组高通量测序技术的飞速生长
，生物数据量的不绝激增
，海量生物数据剖析在生物医学领域面临着前所未有的挑战
。运用已有算法已很难满足现有速度要求
，并成为阻碍基因组学生长和应用的技术瓶颈；另一方面
，许多软件算法对盘算网络存储需求量大且能耗较高
，盘算资源耗资巨大
。目前以CPU 为焦点的盘算构架提升空间有限
，亟需探索新的绿色盘算战略
。针对这一问题
，中科院北京基因组研究所于2010年
，由院“引进杰出技术人才”吕雪梅研究员牵头、联合研究所所级中心生物信息剖析部凌少平等重测序小组主干成员组成研发团队
，与中科院软件所相助
，开展海量生物数据的绿色盘算研发
。该项目获得基因组所高度重视和经费支持
，并获得了pg电子官网仪器设备功效开发技术立异项目的资助
。经过两年多的攻关和努力
，项目取得阶段性结果
。

此次研发的高通量核酸序列比对剖析专用机（CASmap）支持高通量测序种种数据应用类型（基因组、外显子组和转录组）并具有富厚的参数设置
。测试数据显示一台CASmap能满足～200Gbp/天的数据比对处理
，是目前最快且功效完备的高精度、低能耗的序列比对系统
。CASmap的爆发标明中科院北京基因组所在仪器设备功效开发技术上又迈进了一大步
，正如李俊雄副所长指出：CASmap对基因组研究和个体化医疗的生长都有着深远意义
。

李俊雄副所长讲话

高通量核酸序列比对剖析专用机（CASmap）

测试现场

专家评审