北京基因组所（国家生物信息中心）薛勇彪研究员相助揭示古老转座子扩张影响普通小麦转录调控演化
普通小麦是全球种植规模最广的谷物，具有广泛的情况适应性，这被归因于三套适应差别情况基因组的融合�；蛐蛄邢喽允鼐�，三套亚基因组的基因间区高度剖析，那么，亚基因组如何实现调控的协同与剖析呢？2022年11月14日，Nature Communications 在线宣布了题为“Transposable elements orchestrate subgenome-convergent and -divergent transcription in common wheat”的研究论文，揭示了百万年前转座子的扩张影响普通小麦亚基因组转录调控的协同与剖析。
本研究通过刻画189个转录因子的全基因组结合模式（图A），揭示小麦转录因子的结合位点在全基因组一经爆发多轮扩张（图B）。进一步对调控图谱开展进化剖析，发明这些扩张与特定转座子（TE）家族的扩张密切相关。因而亚基因组特异TE家族扩张孝敬于亚基因组的调控剖析（图C）。
可是，高度剖析的基因间区如何介导亚基因组协同调控呢？科研人员发明亚基因组协同的转录因子结合位点，大多只在一个亚基因组中由TE孝敬（图D）。这样不平衡的TE插入为何陪同平衡的转录因子结合？研究人员推测，小麦基因组曾爆发活跃的TE爆发和蜕化，导致许多TE不再具有经典的TE结构。通过设计统计检验战略，在全基因组水平鉴定基因四周蜕化的TE，发明三个亚基因组经历了不平衡的TE蜕化（asymmetric TE decay），而内部转录因子结合位点在亚基因组之间高度守旧，受到平行选择（parallel evolution of TFBS）（图E）。追溯这些TE的类型和爆发时间，发明亚基因配合祖先中一个特定TE家族（RLG_famc1.4）的古老扩张（约500万年前），孝敬于普通小麦大宗转录因子的协同调控（图F）。结合转录组数据，发明这些转录因子平衡结合的靶基因在亚基因组间趋向于平衡表达。
综上，该研究通过整合普通小麦转录因子结合图谱并开发降解TE的检测计划，发明500万年前古老的TE扩张和亚基因组剖析后新兴的TE扩张对普通小麦亚基因组协同和剖析调控的差别孝敬，展示了转座子池的可塑性如何影响多倍体调控的可塑性（图G）。
复旦大学张一婧研究员、pg电子官网北京基因组所（国家生物信息中心）/pg电子官网遗传与发育生物学研究所薛勇彪研究员、pg电子官网分子植物科学卓越立异中心/南方科技大学郎曌博研究员为论文的配合通讯作者。pg电子官网分子植物科学卓越立异中心博士生张郁芸、李子娟博士、博士生刘津易、pg电子官网遗传与发育生物学研究所张玉娥副研究员为论文的配合第一作者。南京农业大学张文利教授和pg电子官网遗传与发育生物学研究所童依平研究员相助加入本项事情。本项目获得pg电子官网战略先导项目，国家自然科学基金优秀青年科学基金项目，以及立异研究群体项目的资助。
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