北京基因组所等首次精准解析结核分枝杆菌复合群甲基化图谱
结核病是全球最常见的熏染病之一 ，据WTO“2015年全球结核病年报”报告 ，2014年全球新增熏染人数960万 ，死亡150万 ，新增耐多药结核（MDR）病例48万（其中我国新增结核熏染病例93万 ，居全球第三位） ，其目前仍是全球第二大熏染病。结核分枝杆菌复合群（Mycobacterium tuberculosis complex, MTBC）是引发结核病的元凶 ，其主要包括结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）、非洲分枝杆菌（Mycobacterium africanum）、牛分枝杆菌（Mycobacterium bovis）和田鼠分枝杆菌（Mycobacterium microti）。MTBC成员在基因组序列上相似性凌驾99% ，可是差别的谱系在毒力和宿主上有着较大的差别。DNA甲基化关于基因表达的时空特异性研究具有重要意义 ，因而成为表观遗传学的研究热点。然而 ，自1998年第一篇结核分枝杆菌全基因组在Nature杂志上宣布至今 ，其全基因组甲基化图谱并未揭晓。
为了全景式解析MTBC的基因组甲基化图谱 ，中科院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室陈非研究组和首都医科大学隶属北京胸科医院国家结核病临床实验室黄海荣研究组相助 ，选取了分属差别谱系的12株MTBC（包括牛分枝杆菌、卡介苗、田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌、6株临床结核分枝杆菌 ，以及结核分枝杆菌标准株H37Rv、H37Ra各1株） ，利用Pacbio三代单分子实时测序技术（Single-Molecule Real-Time, SMRT）对它们的全基因甲基化组进行了全方位的解析。该研究共鉴定到了3种MTBC中特有的m6A甲基化基序及相对应的甲基转移酶基因——mamA、hsdM 和mamB ，并通过实验验证了上述酶的活力。通过比较基因组学的研究 ，该研究还发明了导致甲基化酶失活的基因突变或缺失。
上述研究团队还通过深入挖掘Pacbio三代测序所获得的数据 ，借助于对单位点甲基化比例的盘算 ，获得了MTBC的精准甲基化图谱 ，揭示了细菌中也保存大宗的“部分甲基化”及“未甲基化”位点 ，说明细菌的基因组DNA甲基化也可能如真核生物细胞DNA甲基化一样具有庞大的调控机制。经过进一步的深入探究还发明 ，大部分未甲基化位点与转录因子结合区域重合 ，体现转录因子的保存可能�；ふ庑┣蛎庥诩谆�。
该项研究不但揭示了MTBC的全基因组精准甲基化图谱 ，并且提出了在MTBC中DNA甲基化修饰可能行使表观调控作用的假说 ，为研究结核病病原菌的表观表型特征提供了别样的解析视角。别的 ，该研究还标明Pacbio三代测序平台在精准表征核酸表观遗传修饰上具有巨大潜力 ，为深入探究核酸表观遗传修饰的精准调控机制提供了新的工具和思路。
该研究结果于2015年12月在线宣布于国际知名期刊Nuclear Acid Research 上。该研究获得pg电子官网重点安排项目、重大熏染病防治重大专项等资助。
12株MTBC基因组信息和DNA甲基化信息图
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