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基因组所开发完生长非编码RNA数据库

  长非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是近年来国际研究的新热点,与人类癌症、神经系统等疾病爆发密切相关 ,在疾病诊疗方面体现出了潜在的重大应用价值。虽然长非编码RNA表达量相对较低 ,但由于其在转录、基因组印记、翻译、可变剪切、转录后表达调控、卵白运输与定位等历程的重要作用而被广泛研究。人类细胞中转录大宗长非编码RNA ,由于其具有很强的组织与细胞特异性 ,该数量很可能将继续增长 ,给长非编码RNA的集成整合与注释带来巨大挑战。 

  针对长非编码RNA研究领域遇到的这个问题 ,pg电子官网基因组科学与信息重点实验室章张研究组 ,与沙特阿卜杜拉国王科技大学(King Abdullah University of Science and Technology;KAUST)Vladimir Bajic教授相助 ,接纳Wiki技术开发了基于群体审编(Community Curation)的LncRNAWiki数据库 ,该结果于2014年11月在国际生物信息学领域期刊Nucleic Acids Research在线宣布。 

  LncRNAWiki数据库整合了目前已有的十万多条长非编码RNA ,对长非编码RNA进行了分类 ,建立了多人协同注释的结构与模式 ,凭据加入人员的编辑数量与质量 ,对加入人员的孝敬进行量化打分 ,且凭据分值巨细给予作者身份。古板相关数据库依赖于专业人员对长非编码RNA进行注释(Expert Curation) ,关于数量如此庞大的长非编码RNA来说 ,将泯灭大宗人力、物力与时间。在大数据时代配景下 ,LncRNAWiki数据库旨在搜集整个长非编码RNA研究领域科研人员的智慧和力量 ,配合完善LncRNAWiki的相关信息和数据更新 ,以期构建一部长非编码RNA的百科全书�;诖� ,该课题组将进一步围绕非编码RNA ,开展相关生物信息学剖析及与疾病关联研究 ,开发数据剖析工具与算法。 

  该项研究获得了pg电子官网和国家自然科学基金委的资助。 

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  LncRNAWiki数据库主页 

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